Laboratoria (wt-piąt)		Wykład (piątek 8:15-10:00)
	dr K. Kubiak: wt. 8-10; 12-14; 14-16; piąt. 10-12, dr I. Redzynia: śr. 10-12; czw. 10-12; 13-15, mgr M. Kurzawa: śr. 12-14; 14-16		dr K. Kubiak
4-8.10.10	0	Wprowadzenie	W1	definicja bioinformatyki; 3 portale, które poznamy: NCBI, EBI i Expasy - krotkie przedstawienie; publikacje jako dane: narzedzia do szukania literatury (PubMed, CiteXplore, Espacenet).
11-15.10.10	L1	Internetowe narzędzia do poszukiwania publikacji naukowych i patentowych	W2	Pożyteczne bazy danych biologicznych dostepne w sieci;  Sekwencje jako dane: porozumienie NCBI, EMBL, DDBJ; formaty danych sekwencyjnych. Po co nam sekwencje?
18-22.10.10	L2	Bazy danych sekwencyjnych, bazy informacji enzymologicznych	W3	Dopasowanie dwóch sekwencji: algorytmy dopasowania globalnego i lokalnego, macierze ocen
25-29.10.10	L3	Dopasowanie 2 sekwencji, macierze punktacji (Align i SIM)	W4	Dopasowanie lokalne sekwencji w przeszukiwaniu baz danych: BLAST i FASTA - zasada działania, wiarygodność wyników; PSI-BLAST i PHI-BLAST
2-5.11.10	L4	Poszukiwanie potencjalnych homologów: BLAST, PSI-BLAST i PHI-BLAST	W5	Dopasowanie wielosekwencyjne: Clustal, T-coffe, MUSCLE
8-12.11.10	przerwa z powodu 11 LISTOPADA w czwartek
15-19.11.10	L5	Dopasowanie wielu sekwencji, Clustal	W6 25.11	Bazy danych strukturalnych białek, modelowanie struktur białek; narzędzia do rozszyfrowania właściwości białka na podstawie sekwencji aa
22-26.11.10	L6	Projektowanie PCR i trawień restrykcyjnych: primer BLAST, NEBcutter	W7 26.11	Praktyczne problemy: Jak zaplanować PCR? Co zrobić z wynikiem sekwencjonowania? - znajdowanie ORF, strategie poszukiwań homologów na podstawie podobieństwa sekwencji
29.11-03.12	L7	Bazy danych strukturalnych białek, wprowadzenie do używania pymol
6-10.12.10			W8	test z wykładu
13-17.12.10			13.12	wyniki testu u dr Kubiak - przydział do projektów na 5
20-24.12.10	ŚWIĘTA
27-31.12.10
3-7.01.11
10-14.01.11
17-21.01.11
24-28.01.11
31.01-13.02	SESJA - prezentacja projektów + 1 pytanie ustne z teorii dla chętnych na 5